El instituto Jose Miguel Barandiaran se creó en el año 1987 por petición del pueblo de Leioa, que quería un centro público de Educación Secundaria dentro de su municipio. El edificio, nuevo y moderno, se ubicó frente al campus de la Universidad.
Años más tarde, en el curso 96-97, la implantación de la Reforma hace que se requiera más espacio para dar cabida a las nuevas necesidades, por lo que se abre el Barandiaran Behekoa, en el edificio del centro de Leioa conocido popularmente como Sakoneta.